第一次听到雪茄研究院这个机构的时候，不少雪茄客都会感到惊奇，雪茄做为一种农作物的手工业产品，有什么需要研究的？不就是农田里种植烟叶后把不同烟叶配置卷制后就成为一支雪茄了么？其实这就提到了制作雪茄中非常重要的一个环节——配置。
雪茄研究院最重要的两部分功能，一个就是雪茄烟叶的育种。培育出味道出色、产量高、抗病虫的烟叶是整个雪茄研究院一个非常重要的工作。现在目前古巴雪茄烟叶的种子来自四类核心种子。这四类核心种子被叫做行业战马。包括哈瓦那92和哈瓦那2000，这是一种混合杂交种，也是第一批抵抗古巴古巴烟草蓝霉病爆发的杂交种，之后陆续出现了Criollo98和Corojo 99。后来的很多杂交种子都是基于这四种原始杂交种。哈瓦那92和哈瓦那2000都是由古巴雪茄研究院研发出来的，另外两种是由罗宾纳种植出来的。
雪茄研究院另外一个重要的工作就是雪茄配置。制作一支优秀的雪茄要能体现香味浓郁，口感浓厚丰满，让雪茄的味觉记忆足够而且容易辨识，同时还要确保有均衡的口感结构。这就需要反复的实验，用不同种类、比例的烟叶配置出一支独特的雪茄。同时还要保障这种配置的烟叶能够长期稳定的供应，这样研发出来的雪茄才具有足够的市场价值。
所以雪茄研发并非像其他工业化产品一样，需要庞大的投入和尖端的技术。本质上雪茄就是一些烟叶卷制而成，这里面没有多少技术含量，一个手艺过得去的卷制工人都可以卷制出一支紧实度合适、透气性良好的雪茄。可是种植出好烟叶，把烟叶合理的配置就是雪茄研究院要做的事情，这些研究需要长时间不断的实验。这一点上雪茄研究和抽雪茄一样，珍贵的都是时间。